Всего существуют пять основных стихий: огонь, ветер, молния, земля и вода. Чтобы выяснить, с какой стихией ты связан, нужна особая бумага, сделанная из особых деревьев, выращенных с помощью чакры. Эта бумага реагирует, даже на мизерные объемы чакры бумага сгорит если огонь, разорвётся на пополам если ветер, сожмется если молния, намокнет если вода и сгниет если земля каждый джоунин контролирует 2 стихии 3 могут контролировать лишь единицы. Также существует улучшенный геном, который позволяет использовать стихию чакры, которые другие не могут, например Ямато (Тенза) использует стихии воды и земли одновременно и создаёт стихию дерева. Улучшенный генов заложен в генах и его невозможно скопировать. Также каждая стихия имеет преимущество и недостаток перед другой